موزهٔ تاریخ طبیعی اصفهان در یک بنای مربوط به سدهٔ نهم خورشیدی، متعلق به دوران تیموریان، قرار دارد. این بنا دارای چند تالار بزرگ و یک ایوان است که با مقرنس و تزیینات گچبری زینت داده شده است.
نامناسب ترین ساختمان برای استفاده ب ه عنوان موزه تاریخ طبیعی تمام زیباییهای این ساختمان که قدیمیتر از چهلستون وعالی قاپو میباشد تحت الشعاع حیوانات تاکسیدرمی شده وقفسه ها وسنگها وشیشه های حاوی جنین حیوانات قرار گرفته است دوستان مسئول توجه کنند که در تمام دنیا برای چنین موزه هایی یک ساختمان نوساز ومدرن و وسیع مناسب این کار در نظر گرفته میشود وچنین ساختمانهای چند صد ساله ای را به خاطر ارزش ذاتی خود ان یا حد اکثر به عنوان موزه اشیائ قدیمی در نظر میگیرند متاسفانه برخی از بازدید کنندگان هم یادگاریهای خود را بر دیوارهای ان باقی میگذارند وجود مجسمه چند دایناسور هم در محوطه بیرونی ان بدجوری به اصالت تاریخی این خیابان لطمه زده است
خود موزه از نظر داشتن نمونه وذخایر نسبتا خوبه ولی متاسفانه در نا مناسب ترین مکان ایجاد شده اول اینکه یک ساختمان ششصد ساله را اشغال کرده ومانع از دیده شدن اصل بنا توسط بازدید کنندگان میشود وانگهی این گونه موزه ها باید در ساختمانی نوساز ومدرن ایجاد شده تا بتواند پذیرای نمونه های جدید وبزرگتر شوند وفعلا دچار محدودیت فضا شده اند وباعث صدمه به بافت تاریخی بنا هم شده است